(от греч. micrós — маленький и лат. nucleus — ядро) — генеративное ядро инфузорий. При половом размножении (конъюгации) микронуклеус делится по типу мейоза и дает начало гаплоидным пронуклеусам, из которых в дочерних клетках образуются новые микронуклеусы. Генеративное ядро содержит конденсированный хроматин, в нем отсутствуют ядрышки, что указывает на его неучастие в регуляции биосинтетических процессов. Тем не менее, удаление микронуклеуса лишает клетку жизнеспособности.